Im Jahr 2004 feierte Lamborghini sein 40-jähriges Bestehen mit der Einführung einer limitierten Serie von 50 Murciélago namens 40th Anniversary Edition.
Zu den Veränderungen gegenüber dem Standardwagen gehörte eine limitierte blaue Karosseriefarbe namens "Verde Artemis": die einzige verfügbare Außenfarbe.
Im Vergleich zu den Vorgängern wurden zusätzlich Anbauteile aus Carbon, andere Räder, eine geänderte Abgasanlage
und eine nummerierte Plakette mit der Modellnummer ("x / 50") auf der Innenseite der kleinen Heckscheibe auf der Fahrerseite des Fahrzeugs angebracht.
Der Innenraum war mit einer einzigartigen Lederausstattung versehen.